Par son étonnante végétation le lac de Grand Lieu est une particularité en Europe et est parfois comparé à un lac tropical.      L'abondance de la flore le rend en outre inaccessible et mystérieux pour le visiteur.

Sa zone d'herbiers flottants est une vaste étendue de Nénuphars (blancs et jaunes) prévalant aujourd'hui nettement la Châtaigne d'eau ou macre et le Limnanthème.

Viennent ensuite les forêts de Saules et d'Aulnes mélangées à la flore très diversifiée des roselières, elle se compose en effet de quelques dizaines d'espèces hydrophytes parmi lesquelles : le Jonc fleuri, le Roripe amphibie, le Phragmite, la Fougère des marais..., et d'une dizaine d'arbrisseaux comme le Piment royal.

Au niveau des prairies inondables on recense plus de 80 espèces de plantes dont les Agrostis, le Carex filiforme, le Circe Anglais..., dans les zones les plus humides le Cresson amphibie, l'Hottonie des marais, la Pesse d'eau,...Et quelques Aulnes aux abords des douves.